Etelä-Pohjanmaan voimassa oleva kokonaismaakuntakaava on hyväksytty maakuntavaltuustossa vuonna 2003 ja vahvistettu Ympäristöministeriössä 23.5.2005. Kaavaan on tehty muutos Lapuan kaupungin Honkimäen alueen osalta ja Ympäristöministeriö on vahvistanut maakuntakaavan muutoksen 5.12.2006.

Kokonaismaakuntakaava sisältää seuraavat viisi teema-aluetta:

1. kilpailukykyinen maakuntakeskus, elinvoimaiset seutukunnat ja kunnat verkottuvat yhteistyöhön,

2. alue- ja yhdyskuntarakenteen eheyttäminen,

3. eteläpohjalainen kulttuuriympäristö ja -maisema,

4. luonnonympäristö ja virkistys, ja

5. yhteysverkkojen toimivuus.

Kaavan mittakaava on 1 : 250 000.

Etelä-Pohjanmaalla ovat kokonaismaakuntakaavan lisäksi voimassa vaihemaakuntakaavat I ja II. Vaihemaakuntakaava I täydentää kokonaismaakuntakaavaa tuulivoiman osalta. Vaihemaakuntakaava II käsittelee kauppaa, liikennettä ja keskustatoimintoja. Kokonaismaakuntakaavasta on kumottu ja uudistettu näihin teemoihin liittyviä merkintöjä II vaihemaakuntakaavassa.