Liito-orava-aineistona käytettiin Suomen ympäristökeskuksen (Syke) tietokannasta saatuja liito-oravan havaintoja. Havaintoja oli alun perin aineistossa n. 48 500 kpl, joita on kertynyt vuodesta 1980 lähtien. Aineisto on kokonaisuutena kirjava ja sisältää esimerkiksi vanhoja sekä epävarmoja havaintoja, joten osa siitä jouduttiin poistamaan tietyin ehdoin mallitustyön luotettavuuden varmistamiseksi. Mallitusta varten havainnoista poistettiin ennen vuotta 2009 tehdyt havainnot, sekä ne, jotka sijoittuivat vesistöihin, havainnon teon jälkeen hakattuihin metsiin, asutukseen, pelloille ja muille ei-metsäisille alueille. Yksittäiseen metsikköön saattoi sijoittua lukuisia havaintoja, joten 170 metriä lähempänä toisiaan olevista havainnoista poimittiin mukaan vain yksi havainto satunnaisotannalla. Liito-oravanaaraiden elinpiiri on n. 8 ha, ja lähekkäin olevien havaintojen poistamisella pyrittiin siihen, että havainnot edustaisivat elinpiiritason tietoa ennemmin kuin metsikön sisäistä vaihtelua. Lopullisessa mallituksessa käytettiin 5 613 havaintoa.

Mallituksessa metsiä kuvaavana aineistona käytettiin valtakunnan metsien monilähdeaineistoa (ML-VMI) vuodelta 2017. ML-VMI-aineiston kuvaus. Aineiston kuva-alkion (pikselin) koko vastaa maan pinnalla 16 m × 16 m aluetta. Monilähdeaineisto luokiteltiin puulajin ja tilavuuden mukaan liito-oravalle sopiviin varttuneisiin kuusi-lehti -sekametsiin, muihin varttuneisiin metsiin, jotka soveltuvat liito-oravan liikkumiseen sekä aukeisiin. Varttuneet metsät määriteltiin metsien tilavuuden perusteella ja tilavuuskriteerit sovitettiin alueittain osin VMI:n julkaisemien ikä-tilavuustietojen perusteella ja osin liito-oravahavaintoihin perustuen. Lisäksi maisema-aineistoon liitettiin Maanmittauslaitoksen maastotietokannasta saadut pellot, asutus, tiestö, muut ei-metsäalueet ja vesistöt.

Liito-oravan elinympäristön rakennepiirteet laskettiin seuraavista maisemaluokista: liito-oravalle soveltuvat metsät, liikkumiseen soveltuvat metsät (>10 m), hakkuuaukeat, pellot, asutus ja vesistöt. Maiseman rakennepiirteitä käytettiin mallissa selittävinä tekijöinä.

Mallitusta varten liito-oravan esiintymisalue jaettiin 50 km × 50 km ruutuihin, joista koostettiin yhdeksän aluetta kasvillisuusvyöhykkeiden ja muun maantieteellisen vaihtelun perusteella (kuva). Jokaiselle 50 km ruudulle arvottiin sata verrokkipistettä, jotta otos olisi tarpeeksi suuri kuvaamaan 50 km ruudun keskimääräistä maisemarakennetta. Sekä liito-oravien havaintopisteiden että verrokkipisteiden ympäriltä laskettiin kullekin maisemaluokalle useita maiseman rakennetta kuvaavia tunnuksia 250, 500, 1000 ja 2000 m säteellä. Jokaiselle yhdeksälle alueelle tehtiin tämän jälkeen liito-oravapisteiden maisemarakennetta selittävä malli (logistinen regressiomalli) askeltavalla menetelmällä.

Seuraavassa vaiheessa liito-oravan esiintymisalueelle sijoitettiin säännöllinen pisteverkosto 500 metrin välein ja pisteille laskettiin samat maisematunnukset kuin liito-orava- ja verrokkipisteille. Kullekin pisteelle laskettiin edelleen mallin antama todennäköisyys välillä 0–100 % sille, että se edustaa liito-oravalle sopivaa elinympäristöä. Punainen väri kartalla indikoi arvoja lähellä 100 %, ja sininen väri lähellä nollaa.

Lopuksi todennäköisyydet interpoloitiin 500 metrin väliin jääviin 100 m ruutuihin ns. luonnollisen naapurin menetelmällä. Ennustekarttojen pienin erottuva yksikkö vastaa maastossa on 100 m × 100 m aluetta. Ennustekartoissa on esitetty ne ruudut, joissa metsää on ≥50 %.

Ennustekartat on tuotettu osana Euroopan unionin Life-ohjelmaan sisältyvää Liito-orava-LIFE-hanketta Luonnonvarakeskuksen toimesta.

Atlasruudun selvitysaste lasketaan painotettuna pesimävarmuussummana ruudussa havaituista lajeista. Laji, josta on todettu varma pesintä antaa eniten painoa ja saa arvon 3; laji, josta on todettu todennäköinen pesintä saa arvon 2; ja laji, josta on todettu mahdollinen pesintä saa arvon 1. Ruudun selvitysasteeseen vaikuttaa siis sekä lajimäärä että kunkin lajin pesinnän varmuus. Esimerkiksi: 15 varmaa pesimälajia, 10 todennäköistä pesimälajia, ja 12 mahdollista pesimälajia antavat ruudulle painotetun summan 77. Sama summa koostuu myös esimerkiksi 25 varmasta pesimälajista, viidestä todennäköisestä, ja 17 mahdollisesta pesimälajista.

Selvitysasteluokat erinomainen, hyvä, tyydyttävä, välttävä, satunnaisahavaintoja, ja ei havaintoja ovat luokittelutyökaluja, joilla lähinnä havainnollistetaan kartoilla eri väreillä kartoituksen tehokkuutta. Luokille on määritelty raja-arvot ja ruudun painotetun pesimävarmuusindeksisumman perusteella määräytyy mihin luokkaan ruutu sijoittuu. Esimerkiksi: jos eteläisen Suomen ruudussa selvitysasteluokan hyvä alaraja on 254 ja yläraja 290, sijoittuu esim. summalla 250 luokkaan tyydyttävä ja summalla 301 luokkaan erinomainen. Selvitysasteiden luokkarajat ovat matalampia maan pohjoisosissa kuin eteläosissa, koska potentiaalisten lajien määrä yleisesti ottaen laskee pohjoista kohden mentäessä. Ruutujen selvitysasteita määriteltäessä on otettu myös huomioon maa-alan vähäisyys ns. rannikkoruuduissa (= sellaiset ruudut, joissa on vähintään 20 km2 vettä). Lisäksi yksittäisiin ruutuihin on tehty tapauskohtaista hienosäätöä selvitysasteiden luokkarajoissa, sillä kaikkiin ruutuihin ei kaavamainen laskentatapa sovellu. Selvitysasteiden määrittely tehtiin toisen atlaksen (1986–89) aikaan, ja tarkempi selvitys aiheesta löytyy kirjan Muuttuva pesimälinnusto (Väisänen ym. 1998) liitteestä 1 (s. 514 lähtien).

Aineisto